Communautés du Sud, de l'Atlas et des oasis sahariennes
Des contreforts du Moyen-Atlas, aux confins de l'Anti-Atlas, et jusqu'aux palmeraies sahariennes du Tafilalet ou du Touat à l'est et au sud-est, s'étend une région peuplée par les Juifs berbères des montagnes et des oasis, qui se distinguent par leurs types physiques et leur habitat varié. L'histoire des Juifs de ces contrées remonterait, d'après certaines légendes, à l'ère des Rois David et Salomon. Si certains voient dans les premiers Juifs de l'Atlas des envoyés du roi Salomon, d'autres assurent que les Juifs d'Asfalou financèrent la construction du premier Temple. D'autres y verront les descendants de la tribu dispersée d'Ephraïm, ou ceux de Yona rejeté par la baleine sur l'oued Noun.
C'est probablement à la suite de la destruction du Temple que l'on assiste à un peuplement des vallées de l'Atlas marocain. Les Berbères qui habitaient déjà le pays les accueillent et embrassent souvent cette nouvelle religion. Pendant des siècles, des régions entières sont judaïsées tandis que les Juifs se berbérisent. Les Juifs de l'Atlas constituent ainsi, lorsque débarquent les megorashim, les Juifs autochtones (toshavim). Ils ne sont, en effet, que peu "séphardisés". Vivant avec la population berbère islamisée, les Juifs ne connaissent que rarement les exactions commises dans les villes. Les mêmes saints sont vénérés par tous, l'habillement des Juifs et des Musulmans est quasiment le même, tout comme l'alimentation, la langue ou l'aspect physique, dans des conditions d'existence difficiles dans le Haut-Atlas ou plus agréables dans les oasis. On observe en dépit de cet environnement éloigné, un grand attachement à la tradition juive et à l'étude, en particulier des textes cabbalistiques. Des familles comme celles des Afriat et des Abehsera, ou de savants rabbins qui sont devenus des saints vénérés au Maroc (ainsi Moulay Ighi du Drâa) se distinguent dans ce domaine. En 1953, de nombreuses agglomérations étaient dispersés entre Debdou et Goulimine. Elias Harrus, qui en dénombre plus d'une centaine, distingue quatre zones d'implantation : - la région du Tafilalet, comprend les mellahs de Outat el Haj, Missour, Midelt, Tansint, Gourrama, Kerrando, Rich, Ksar es Souk, Bou Denib, Erfoud, Tinjdad et Rissani; - le versant sud du Haut-Atlas, le long des vallées des oueds Draa, Dadès et Todra abrite les très anciens mellahs de Tineghir et Asfalou (Todra), Akko Perez et Skoura (Dadès), Ouarzazate, Agdz, Zagora, Tagounit Beni Sbib, M'hamid sur le Draa vers le Touat; - dans l'Anti-Atlas, on trouve une concentration de mellahs de la montagne jusqu'au désert, de Ouarzazate à Goulimine (Taroudant, Inezgane, Tiznit, Tafraout, Illigh, Ifrine et Akka); - la région dont le peuplement juif est le plus ancien, se situe sur le versant occidental du Haut-Atlas, entre les hautes montagnes et Marrakech; elle comprend les communautés de Khenifra, Kasba Tadla, Beni Mellal, Taounza, Demnat, Oulad Mansour, Sidi Rahai, Zerekten, Telouet, Agouim, Amimiz et Imi n'Tanout. Au XIXe siècle, un mouvement migratoire déplace des membres de ces communautés vers les villes environnantes. Que ce soit pour exercer leur métier de colporteurs et de commerçants, pour faire éduquer leurs enfants ou pour vendre leurs produits, les Juifs de l'Atlas finiront par quitter définitivement leurs villages. Un siècle plus tard, ce mode de vie a complètement disparu. Il en reste des vestiges et certains lieux de mémoire comme le tombeau de Rabbi Isaphore, qui est un lieu de pélerinage. Amram El Maleh raconte, dans Citadelles du désert, l'histoire de ce rabbin qui, tel Moïse, apaise la soif des caravaniers et meurt parce que l'un des caravaniers a désobéi à la condition qu'avait posée le rabbin :
"Personne ne doit prendre plus qu'une quantité suffisante d'eau pour apaiser sa soif". Sa mort, à la veille du chabbat, est suivie d'un autre miracle : le temps se fige afin que sa dépouille trouve un linceul digne de son nom. Cette légende demeure toujours vivante à Agadir et à Inezgane.