Cette herbe s'emploie sous forme de feuilles fraîches ou séchées, seule ou en mélange avec d'autres herbes, pour aromatiser de nombreuses préparations culinaires. Son arôme plus délicat que celui de l'origan la rapproche du thym. Il convient de l'ajouter en fin de préparation, un temps de cuisson trop long risquant de faire disparaître tout son arôme.
L'essence obtenue par distillation des fleurs est antiseptique. Elle est surtout utilisée pour des fumigations. La marjolaine a des propriétés anaphrodisiaque Herbe réchauffante et relaxante, avec des propriétés antiseptiques, à prendre en infusion pour soigner états d'anxiété de nervosité insomnie, migraines, rhumes et affections des bronches.